Fra la popolazione e i Frati Minori Osservanti si era stabilito fin dai primordi una tale venerazione e familiarità tanto abituale era la frequentazione della loro chiesa. Generoso il contributo delle varie questue o raccolte di prodotti agricoli e sempre ben accolta la richiesta che ogni anno il Padre Guardiano rivolgeva al Consiglio Generale per aiuto. Tanto che, essendosi sparsa la voce che i Padri Minori Osservanti dovevano essere sostituiti dai Minori Riformati, i Sindaci e i Procuratori della Comunità ricorsero al Doge per allontanare tale eventualità.
Nel 1700, sia perché le costruzioni cedevano all’usura del tempo, sia per renderle più ampie e idonee, sia per il cambiamento del gusto, si procedeva ad una ristrutturazione generale del convento e della chiesa. Andarono distrutti gli antichi affreschi cinquecenteschi dei chiostri. Ne fu discusso anche in Consiglio Comunale per la richiesta particolare di aiuto da parte dei frati sia nel 1716 che nel 1718 e nel 1719. I lavori si conclusero probabilmente nel 1719, anche in base alla data di consacrazione della chiesa del 1° aprile 1719, come risulta dall’iscrizione posta sul retro dell’altare maggiore.
Con il decreto in data 7 settembre 1768 furono aboliti nel bresciano alcuni conventi. San Bernardino fu salvo. Così, dopo la Rivoluzione Francese per decreto dell’8 giugno 1805, il convento di San Bernardino dovette accogliere i frati di altri conventi aboliti. Con decreto di Napoleone Bonaparte del 25 aprile 1810 venne abolito anche il convento di San Bernardino che fu soppresso e indemaniato con tutti i beni nel Monte Napoleone di Milano, mentre i religiosi furono secolarizzati. Inizia ora per il convento uno tra i periodi più travagliati. Nel 1842-1848 vi si insediarono i Padri Gesuiti che vi aprirono un collegio-convitto e scacciati, vi tornarono dal 1852 al 1859. Il complesso venne affittato dalla Congregazione di Carità di Chiari ad un’osteria e in seguito alla ditta Paolo Terinelli&Co che vi apriva una fabbrica di colla, sapone e polifosfati. Nel 1888 alla ditta Paolo Terinelli succedeva la ditta Giuseppe Terinelli che acquistava il convento e lo trasformava in una fabbrica di concimi chimici. Trovandosi in cattive acque, accolse favorevolmente la proposta di acquisto da parte dei fratelli clarensi Menna, don Domenico e Teresa. Restaurato il convento, dal 1910 poté ospitare i P.P. Benedettini dell’abbazia di Santa Maria Maddalena di Marsiglia della Congregazione di Solesmes, espulsi dalla Francia per le leggi anticlericali. L’abate Gauthey, uomo di vasta cultura, di eccezionale gusto artistico e di profonda pietà, veniva largamente consultato e frequentato per la direzione spirituale. Fra questi l’adolescente Giovanni Battista Montini (poi Paolo VI), ospite abituale dei fratelli Menna. A San Bernardino dal 5 al 24 agosto 1912 ha fatto gli Esercizi Spirituali in preparazione dell’ordinazione sacerdotale Don Primo Mazzolari.
Il 20 agosto 1926 veniva firmato il contratto di acquisto del convento di San Bernardino da parte del Beato Filippo Rinaldi, Rettor Maggiore dei Salesiani, terzo successore di don Bosco. Si cercava un edificio adatto per accogliervi il noviziato e l’aspirantato della nuova Ispettoria Salesiana Lombardo-Emiliana. Nel 1929 si affiancarono ai Salesiani le Figlie di Maria Ausiliatrice per i diversi servizi della Comunità. Nel 1955 si costruì una nuova ala per collocarvi le aule scolastiche. Nel 1968 il Prevosto di Chiari, Mons. Guido Ferrari, volle che, accanto alla Curazia, fossero aperti gli Oratori maschile e femminile. Nel 1998 venne firmata una convenzione tra il Vescovo e l’Ispettoria in cui vengono determinati i rapporti tra la Curazia di San Bernardino e l’unica parrocchia di Chiari.
